Байерн Мюнхэнийн хамгийн агуу хүн (үргэлжлэл) Бэкэнбауэр Ромд цом өргөсний дараа Олимпик Марсэйлийг дасгалжуулахаар боллоо. Клубын босстой таарамжгүй харьцаатай байсны улмаас нэг жил дасгалжуулаад клубыг орхив.
Үүний дараа хэсэг хөлбөмбөгөөс хөндийрсний дараа 1994 онд Байерний дэд ерөнхийлөгчөөр сонгогдлоо. Тэр улиралд баг нь хангалтгүй амжилт үзүүлж байснаас дасгалжуулагчаа халж дэд Ерөнхийлөгч маань өөрөө багийг удирдан аварга болгов. Харин 2 жилийн дараа дахиад л үйл явдал дахиж лигтээ тааруухан амжилт үзүүлж байсан Отто Рэххагэлийг лигийн тоглолт дуусахаас сар гаруйхны өмнө халж өөрөө багийг удирдсан боловч харамсалтай нь лигийн аваргаа авч чадаагүй ч УЕФА Капд Бордог хожин аварга авсан юм.
Үүнээс хойш 14 жилийн турш тасралтгүй төрөлх клубынх төлөө ажиллаж нэг хэсэг нь болсон юм. Өмнө Марсэйлээс яваад байх үед нь Байернийн ерөнхийлөгч Фритц Шэрэр түүнийг дасгалжуулагчаар ажиллахийг санал болгоход хүлээж аваагүй ч дэд Ерөнхийлөгчөөр ажилаллахийг зөвшөөрчээ. Үүнээс 3 жилийн дараа Байерн Мюнхэн багийн Ерөнхийлөгч болсон юм.
Шинэ ажилдаа ороод ерөнхий менежер Ули Хөниз, дэд ерөнхийлөгч Карл-Хайнц Руммэниггэ гэсэн баг бүрдүүлэн клубыг амжилт өөд удирдаж эхлэв. Тэдний удирдлаган доор Байерн санхүүгийн хувьд Европдоо хоёрт бичигдэхээр амжилттай болсон юм. Тэдний өмнө МанЮ орж байлаа. Бэкэнбауэр хэзээ ч санасан зүйлээ хэлэхээс айдаггүй байсан юм, клубт санаанд тохирохгүй зүйл байвал үргэлж шүүмжилдэг байв.
2001 оны Аваргуудын лигийн хэсгийн тоглолтод Лионд 3:0 харьцаатай талбай дээрээ хожигдоход тоглолтын дараа Бэкэнбауэр “бид нар хөгшчүүл шиг тоглож байна, ийм хөлбөмбөгийг 30 жилийн өмнө л тоглодог байсан” гэж багаа хурц шүүмжиллээ. Үр дүнд 2 сарын дараа өнөөх хөгшчүүл нь Аваргуудын лигийн аварга авч байсан юм.
1998 онд Бэкэнбауэр албадлагаар шахуу Германы хөлбөмбөгийн холбооны ерөнхийлөгч болж байв. Тэр үед 2006 оны ДАШТ зохион байгуулагч орныг шалгаруулж байсан ба Бэкэнбауэр энэ үеэр олон сарын турш дэлхийн олон орноор аялж Германыг дэмжихийг сурталчилж байв.
ДАШТ зохион байгуулах эрх авсны дараа
ДАШТ 2006-ын хэсгийн сугалааны үеэр
Нээлтийн ажиллагаан дээр
Герман нутаг дээрээ ДАШТ зохион байгуулах эрх авсны дараа Бэкэнбауэр автоматаар зохион байгуулах хорооны дарга болсон юм. Бэкэнбауэрийн зохион байгуулсан ДАШТ маш амжилттай болж өнгөрлөө. Дараа жил нь УЕФА-ийн конгрэсс Бэкэнбауэрыг ФИФА-н гүйцэтгэх хороон дахь өөрсдийн төлөөлөгчөөрөө сонгов.
Энэ олон ажил, аялалын явцад Бэкэнбауэр клубынхээ байраар хааяа л нэг харагддаг зочин болж хувирав. Гэсэн хэдий ч ФЦ Байерн үргэлж түүний зүрхэнд ойр байсан юм. “Франц Бэкэнбауэрийг Байернаас салгах боломжгүй” гэж Руммэниггэ хэлж байв. Бид түүнийг удирдах зөвлөлийн дарга байх үеийх шиг байнга уулзах нь цөөрсөн ч тогтмол уулздаг хэвээрээ байгаа.
Одоо бол тэр хүндэт ерөнхийлөгч мөн хүндэт ахлагч. Энэ хүрээнд Бэкэнбауэр клубээс зохиогддог бүх арга хэмээнд уригддаг. “Энэ бүх 51 жилийн дараа чи зүгээр л ингээд боллоо, баяртай гэж хэлж чадахгүй” хэмээн тэр эрхэм Ерөнхийлөгчийн өрөөндөө сууж байхдаа инээмсэглэн хэлсэн юм. “Өнгөрсөн хугацаанд клуб ямар амжилт үзүүлж ямар төвшинд ирсэн байгааг хардаа, та үүнийг гайхалтай гэж хэлнэ. Гийзинг тосгоны баг одоо олон улсын брэнд болсон байна энэ бол итгэмээргүй өөрчлөлт” энэ бүхэн Франц Бэкэнбауэр байхгүй байсан бол хэзээ ч болохгүй байсан юм.
Үзүүлсэн амжилт болон хувийн шагнал:Тоглогчийн хувиарКлубБайерн Мюнхэн:Бундэслиг – 1968/68, 1971/72, 1972/73, 1973/74
Германы цом – 1966, 1967, 1969, 1971
Аваргуудын лиг – 1973/74, 1974/75, 1975/76
Цомтой багуудын цом – 1967
Тив хоорондын цом – 1976
Хамбург:Бундэслиг – 1981/82
Нью-Йорк Космос:НАСЛ Аварга – 1976/77, 1977/78, 1979/80
Олон улсДАШТ:- Алтан медаль – 1974
- Мөнгөн медаль – 1966
- Хүрэл медаль – 1970
ЕАШТ:- Алтан медаль – 1972
- Мөнгөн медаль – 1976
Дасгалжуулагчийн хувиарДАШТ:- Аварга – 1990
- Мөнгөн медаль – 1986
Бундэслиг:- Аварга – 1993/94
УЕФА Кап:- Аварга – 1995/96
Хувийн шагналБаллон д’Ор: - Ялагч – 1972, 1976
- Хоёр дугаар байр – 1974, 1975
ДАШТ шилдэг залуу тоглогч:- 1966
ДАШТ шилдэг тоглогч:- Хоёр дугаар байр - 1974
ДАШТ-н мөрөөдлийн 11:- 1966, 1970, 1974
ЕАШТ-н мөрөөдлийн 11:- 1972, 1976
Германы оны шилдэг тоглогч:- 1966, 1968, 1974, 1976